殺菌劑首先于微生物的細胞膜相接觸，進行吸附，穿過細胞膜進人原生質(zhì)內(nèi)，然后在各個部位發(fā)揮藥效。有的殺菌劑可使微生物中的蛋白質(zhì)變性，消滅細胞的活性而使微生物死亡，這種作用稱為滅菌；有的殺菌劑可使微生物的細胞遺傳基因發(fā)生變異或干擾細胞內(nèi)部酶的活力使其難以繁殖和生長，從而對微生物起到抑制作用，稱為抑菌。氧化型殺菌劑殺菌效果好，對所有的微生物都起作用，但它是非選擇性的。也就是說氧化型殺菌劑不僅能殺死有生命的微生物，也能與非活性的物質(zhì)如今屬管道、容器、纖維和添加劑等起反應(yīng)，從而影響生產(chǎn)。

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